Starannie dobrana izolacja zapewnia: Brak strat ciepła, kondensacji i problemów z izolacją akustyczną instalacji. Wszystkie przewody powinny być izolowane, szczególnie w nieogrzewanych pomieszczeniach. Izolacja wpływa na akustykę instalacji. Wycisza hałas generowany przez przepływ powietrza. Chroni również kanały przed utratą ciepła. Dotyczy to zarówno chłodzenia ciepłego powietrza, które nawiewamy do budynku zimą, jak i ogrzewania zimnego powietrza, które chcemy nawiewać do budynku latem (np. przez system klimatyzacji). Równie ważnym aspektem, przed którym chroni nas izolacja, jest skraplanie się pary wodnej (kondensacja) na powierzchniach oraz w przewodach. Dzieje się tak zawsze wtedy, gdy ciepłe i wilgotne powietrze jest schładzane, najczęściej problemy z wykraplaniem wilgoci na instalacji pojawiają się zimą. Izolacja musi być wykonana w sposób ciągły i szczelny oraz z materiału lub pokryta warstwą zabezpieczającą przed transferem wilgoci (np. płaszcz aluminiowy przy wełnie mineralnej).
Przy wyborze lokalizacji rekuperatora należy kierować się wytycznymi producenta. Większość central do domów jednorodzinnych jest przystosowana do całorocznej pracy w ogrzewanych pomieszczeniach lub co najmniej temperaturach powyżej zera. Umieszczenie rekuperatora na nieogrzewanym poddaszu ma negatywny wpływ na odzysk ciepła zarówno latem jak i zimą, a woda skraplająca się w urządzeniu zimą może zamarznąć, trwale uszkadzając wymiennik ciepła. Jeśli jednym miejscem, w którym możemy zamontować centralę jest poddasze nieużytkowe lub dach budynku, należy wybrać urządzenie przystosowane do montażu zewnętrznego.
Do każdej instalacji warto zamontować tłumik. Spowoduje to stłumienie pracującego wentylatora. Dostępne są również tłumiki do anemostatów nawiewnych i wywiewnych. Kluczowym elementem jest elastyczne połączenie, które eliminuje przenoszenie drgań powstałych w wyniku pracy wentylatora na instalację. Centrale podwieszane powinny być wyposażone w podkładki antywibracyjne zapobiegające przenoszeniu drgań z uchwytów montażowych na elementy konstrukcyjne budynku.
W systemie należy zainstalować przepustnicę i anemostaty. Pozwala to dostosować przepływ powietrza w systemie. Bardzo ważne aby po zakończeniu wykonać pomiar wydatków w każdym z pomieszczeń i wyregulować go. Nierównomierny przepływ powietrza wpływa na nieprawidłowe działanie systemu wentylacyjnego. Na przykład, jeśli prędkość nawiewu powietrza jest zbyt szybka, będziemy odczuwać zimno i przeciągi, a jeśli wyciąg w łazience jest zbyt mały, nie będzie wystarczająco szybko usuwana wilgoć z powietrza. Nierównomierny przepływ zmniejsza również sprawność odzysku ciepła (którą producent podaje przy zrównoważonych przepływach).
Dobór zbyt małych średnic przewodów zwiększa prędkość w kanale, co skutkuje szumem oraz wzrostem oporów na instalacji. Dlatego ważne jest, aby nie lekceważyć średnic zawartych w projekcie, wprowadza to małe oszczędności w stosunku do późniejszego hałasu instalacji.
Kanały elastyczne z foli mają tendencje do obwieszania. Stopniowe obwieszanie kanału generuje duże opory na instalacji, co doprowadza do większego zużycia energii elektrycznej, hałasu przy działaniu wentylatorów, a nawet niedostatecznym wydatkiem urządzenia. Dlatego ważne żeby ograniczyć długość instalacji wykonanej z tego typu kanałów i stosować dużą ilość uchwytów przy ich montażu późniejszego hałasu instalacji.